2x01 - Four Months Later

Mohinder est approché par un homme étrange prénommé Bob (c'est ce genre de nom qui nous glisse des doutes sur la véracité de ces spoilers), qui lui offre un emploi dans une société mystérieuse. Mohinder se rend compte que la compagnie est son ennemi et il essaiera de pénétrer dans l'organisation.

Claire découvre le secret de West, son nouveau petit ami à savoir qu'il peut voler. Durant une présentation de pom-pom girls avec leur nouvelle chef Debbie, elle fait une figure qui lui cause la fracture d'un os et elle utilise ses pouvoirs pour se guérir.

2x02 - Lizards

Peter a été capturé par des bandits irlandais dans le Season Premiere, il est amnésique et il doit redécouvrir ses pouvoirs. Il est attiré par Caitlin, la fille de Ricky, le leader de l'organisation criminelle.

Le père d'Hiro est tué, poussé par un étranger depuis un toit. Cet étranger tombe avec Kaito mais il disparaît avant de toucher le sol.

Hiro renconte son héros, Takezo et en usant de son pouvoir, il désarme 11 bandits. Parallèlement, il tombe amoureux d'une femme dont Takezo doit être épris. Donc il laisse le champ libre à son héros.

2x03 - Kindred

Sylar est toujours en vie. Il tue Candice Wilmer qui l'a pourtant sauvé. Il découvre par la suite avec stupéfaction qu'il perd ses pouvoirs.

Peter est obligé d'aider les criminels dans un cambriolage et il sauve les gangsters en faisant léviter une voiture et en la lançant sur les gardes. Il découvre qu'il a les pouvoirs d'envoyer de l'électricité depuis ses mains et de faire de la télékinésie.

Suresh sauve le Haïtien mourant en lui injectant de son sang. Enfin, Niki rejoint la compagnie maléfique.

2x04 - The Kindness of Strangers

Le personnage incarné par Dana Davis a le pouvoir de répliquer n'importe quel mouvement physique. Elle en use notamment pour récupérer un revolver en se rappelant d'un show qu'elle avait vu précédemment.

Des étudiants américains, Derek et Maya trouvent Sylar dans le désert mexicain et le sauvent. Sylar leur dit que son nom est Gabriel Gray et il semble vouloir les aider mais il tue secrètement Derek à une station service.

Le boogeyman dont Molly parlait s'avère être le mystérieux Bob de la compagnie, qui est en fait le père de Matt.